Die waldbahn fährt auf drei Linien rund um den Knotenpunkt Zwiesel. Die WBA 1 verbindet die Städte Plattling und Deggendorf mit Regen, Zwiesel und Bayerisch Eisenstein. Die WBA 2 pendelt zwischen Zwiesel und Bodenmais und die WBA 3 zwischen Zwiesel und Grafenau.
Seit dem 12. September 2016 ist das Streckennetz der waldbahn um die WBA 4 erweitert worden. Diese pendelt stündlich zwischen Gotteszell und Viechtach. So wird die Querverbindung zum Altlandkreis Viechtach geschaffen.
